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從1930年代起，日本軍國主義政府加緊了對華侵略的步伐，日本的道教研究也納入了對華戰爭的需要。設在瀋陽的「南滿州鐵道株式會社」和設在上海的「東亞研究所」就對中國的政治、經濟、社會、文化、歷史、風俗和宗教作了全方位的研究，收集了大量侵華戰爭需要的情報。其調查研究的成果就包含在戰後出版的《中國農村風俗調查》（六卷本）中。當然，這一時期也有些學者仍然從事著嚴肅的宗教研究，包括道教研究。作為這一時期的道教研究的代表人物和著作有：平野義太郎的《道教的經典》、《功過格》，五十嵐賢隆的《太清宮志》，橘朴的《中國思想研究》、《道教和神話傳說》，福井康順的《太平經的一個考証》、《道教的基礎研究》、《東洋思想史研究》，吉岡義丰的《道教的實態》、《道教研究》、《 [[ 道教經典史論 ]] 》、《道教和佛教》（多卷本），等等。這些代表著作中有些出版在戰後。

吉岡義豐（1916 －1981 －1979 年），畢業於智山專門學校（今大正大學），在中國學習期間，曾繼小柳司氣太之後，住進了北京白雲觀。他寫的關於道教宗教生活的回憶，被公認為具有珍貴價值的親身體驗。福井康順和吉岡義豐，他們都比較徹底地改變傳統的將道教附屬於儒、佛的觀點，而是將道教作為一種獨立的宗教系統來研究。並且其道教研究已經發展成為一種綜合性的研究，即道教研究的領域已經擴大到了歷史、考古、文獻、方志和年表等方面。他們的研究方法比較嚴謹，明顯地受到我國乾嘉學派治學方法的影響，其對於《[[道藏]]》的歷史以及《[[靈寶經]]》、《[[周易參同契]]》、《[[列仙傳]]》等研究都是旁徵博引，互相參照，細致考証，鉤稽異同，言必有據，多有發見的。但是，他們的研究眼光只是局限在宮觀中的和書本上的道教，方法上也由於過分重視考據，因此還沒有將道教作為一種社會現象來研究，尚未來得及深入到道教在中國社會、文化、科技和民俗領域中的作用和地位。