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這時期，加入道教的士大夫更多了，道教徒中文化水平較高者相對增加，製作道經有了更多的人手。為了提高道教，使之更合士大夫們的口味，以便和佛教抗衡，大量道經湧現。早在 [[ 葛洪 ]] 時，據《 [[ 抱朴子 ]] ．內篇．遐覽》統計，已有道經六百七十卷、符籙五百餘卷，合一千二百卷。葛洪本人看見二百多卷。葛洪以後又相繼產生《靈寶》、《上清》兩大系統的道經，到劉宋時， [[ 陸修靜 ]] 便能依據這些經書編出《三洞經目錄》，共計有一千二百二十八卷。陸修靜模擬佛教《三藏》編纂道經目錄，不僅是對道經作了分類，實際上也是初步做了判教的工作，劃分出三個大的學派。儘管這種工作在他本人是不十分明確的，但其實際效果就是把已經萌芽的道教中對教義有分歧的團體劃分開來，促進了道派的發展。陸修靜以前，產生了不同方法修行的道術及其理論總結，有了不太嚴密的傳授系統，經過陸修靜的編目工作，分別了「三洞」的品級先後高低，學派的意識便明顯強烈起來。陸修靜沒有明確宣布自己贊成哪一派，而是兼收並蓄，所以他之前的幾種道術在其手裡得到集中，又從他手裏擴散出去，各自向獨立方向發展。當然，道教學派之間的界限不像佛教那樣嚴密和明確，它們各有自己的特色，又融合了其他學派的許多內容，這和道教之術雜而多端的總特點是相一致的。

綜觀南北朝道教，南方道教比較注重義理，對道教理論的建設作得更多，和佛教之爭主要是理論之爭， [[ 靈寶派 ]] 和 [[ 上清派 ]] 組織鬆散，南 [[ 天師道 ]] 此時不活躍，很可能在 [[ 孫恩 ]] 暴動失敗後受到重創；北方道教比較重視軌儀，發展宗教組織，和佛教之爭主要是政治地位之爭，北天師道一度被統治者抬在佛教之上。然而，不論是南方道教還是北方道教，都經過改造成為官方宗教，完成了道教從民間走向官方的進程。南北朝的道教雖不如佛教陣容龐大，但也編制了大批經典，豐富了神仙長生的理論，具備了一些宗教儀式和清規戒律，形成某些學派，足可與佛教和儒學在思想文化界鼎足而立了。