該書將內丹修煉劃分為九個階層、三個品級,依次為:
# 「 龍虎交媾 」 。這屬於小成品級,據說煉成此功可延年益壽,強身健體。# 「 周天火候 , 」、「 肘後飛金精 ,媾 」、「金 液還丹 , 」、「 太陽煉形 , 」 這屬於中成品級,據說煉成此功可脫褪凡胎,成為地仙。# 「 三田既濟 , 」、「 煉神入頂 。 」、「鍊神合道」、「超凡入聖」 這屬於大成品級,據說煉成此功可還原純陽至真之體,超凡入聖,成為天仙。
《大丹直指》基本上遵循了全真道[[性命雙修]]、見性立命的內丹宗旨,摒棄了肉胎形體上的長生不死,追求一種通過心性的修煉而達到精神解脫的內煉方法,是對早期內丹思想的一次大膽的揚棄。另有民間抄本《大丹直指》,亦題丘處機撰,但其行文與《正統道藏》本頗多不同,此一抄本對其丹訣有所披露,是研究內丹學的稀世資料。