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該廟始建於唐代乾元年間，興盛於明代。明代萬曆八年（1580年）上車鎮鄭八灣人鄭啟蒙奉旨赴蜀解木排進京，行至荊江下游，洞庭湖口，突然烏雲密佈，狂風大作，驚濤駭浪，將木排沖散，鄭啟蒙驚惶萬狀，無計可施，惟遙望武當山，祈禱真武帝君，不久。風浪漸息，所沖散木材，後來全部撈回，安全運抵北京。鄭進朝面君，奏明此事，蒙旨准於鄭氏家鄉上車灣建廟立像，特賜名「護國仙山」，俗稱「護國山」。古廟原建於上車鎮上首陶春巷，後因河道北移，堤岸崩裂，遷徙於今址。

古廟於文革期間被燬。1994年，監利縣政府批准原址重建。2002年初，大規模重修。2006年7月，祖師廟大殿重修告竣。2009年12月1日，整體工程竣工並正式開放。

新建成的祖師廟總佔地一萬平方米。仿古建築群規劃以祖師殿為中心，自南至北分佈有靈官殿、鐘鼓樓、三清殿、父母殿、觀音閣等，星羅棋布，散而不亂。其中，祖師殿為雙層四翹角齊簷，殿堂後方正中供奉著真武祖師銅像，殿內外壁畫琳瑯滿目。祖師大殿神台柱上鐫刻了一副長達338字的楹聯：

:一萬里長江擁來護國仙山，納洞庭，攜洪湖，浪濤濤，波滾滾，玉壘依然國色翠。帝座陶甄，衛寄[[武當]]；足踞車灣，司分金頂；腹橫荊楚，碧湧雙江。競風流，高樓入蒼穹，喜得得美景盡收眼底：東連岱宗雄，西鄰惇物險，南枕衡岳秀，北通恆峰奇，中極嵩巒奧，左接塔驛峻，右瀕東荊澈，回覽楚城欣。茫茫瓊宇，星漢無邊，迎世間善男信女，送上下西舸東航，霞撫蘭庭多麗色，看不盡人文錦繡。問如此江山：天之高，地之厚，水之深；尊容爍爍，輝映日月。