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在《論道藏本顧歡注老子之性質》中，柳存仁認為顧歡注《[[道德真經注疏]]》是一本《[[道德經]]》的集注，「實為研究南北朝迄唐、宋為《[[老子]]》一書作注疏者之上好材料」。其中的「注」是河上公注；「疏」是唐初成玄英疏；「御」是唐玄宗御注；「歡曰」是顧歡自己之注文；另有「嚴」是東漢嚴遵注文。柳存仁判定「今存顧歡注本，其輯合而成此本子之時代既遲至宋代」，「顧歡本無作偽之必要」，「其於研治《道德經》者仍復有其客觀之價值，則不待置辯」。《道藏本三聖注道德經之得失》一文發表於1969年，而《道藏本三聖注道德經會箋》則是上文的衍展，發表於1973年。兩文所說的「三聖」，指的是曾經注有《老子》的三名皇帝，即：唐玄宗、宋徽宗和明太祖。一般研究中國思想史的學者，多以為其注均非皇帝親為，所以並無真知灼見，沒有研究價值。但是，柳存仁認為「有細論之價值」，「三聖注實亦各有特點與值得注意之處，讀書與治思想史者不宜以其為帝王所制而輕加忽略」。《道藏本三聖注道德經之得失》一文就是闡明這個道理。而《道藏本三聖注道德經會箋》一文則是對此的闡發。在《道藏本三聖注道德經會箋》中，柳存仁認為「三帝之遭際亦不同，對道家思想之理解層次亦有深淺。然理解深者，未必便為成功之帝王。理解淺者，反得為創世之主，其義亦有可思」。比較三帝之注，「宋徽宗與王元澤（雱）獨能知道家義，字裡行間，不無為之遊揚之處」。

關於道教史的研究，特別是道教歷史和人物的考証。例如：《一千八百年來的道教》《張天師的妻女們》、《題免得龕藏漢天師世系贊卷》、《許遜與蘭公》、《五代到南宋時的道教齋醮》、《張君房與宋代道書》、《張伯端與悟真篇》、《明儒與道教》、《王陽明與道教》、《王陽明與佛、道二教》等等。